运输服务中心隶属于南京医科大学后勤服务中心(江苏省怡达后勤服务总公司)，承担南京医科大学的教学、科研、行政、接待及教职工和学生的工作、学习运输任务。

运输服务中心现有职工15名，大、中、小型客车15辆，是一支思想素质高、业务能力强、安全驾驶的队伍，中心始终坚持“安全、高效、优质、便捷”的服务宗旨，将“安全第一、服务至上”的原则放在首位，为学校各部门提供优质的运输保障服务。